近年來基因體研究被視為最前端、最具突破性與發展潛力的科學領域，除了企圖透過這方面的研究了解人類的生理功能與病理現象，進而研發各種診斷、預防與治療的方法之外，透過基因研究了解人類的演化、遷徙與族群的形成，也成為熱門的課題。然而，這類研究因為涉及族群分類、身分認同等敏感議題，也遭到許多批評與反對。科技與社會學者芮兒登（Jenny Reardon）對「人類基因體多樣性計畫」所引發爭議的研究，就深入說明了所涉及的許多複雜因素。
隨著人類基因體計畫的展開，1991 年以著名人口遺傳學者卡瓦利－弗札（Luca Cavalli?－ Sforza）為首的一群科學家，開始倡議進行人類基因體多樣性計畫。他們主張有必要採集不同人群的組織與血液樣本，對人類基因體多樣性進行研究，以了解不同人群之間的差異，並進一步探討人類起源、遷徙與演化的歷史。這個計畫於 1992 年 7 月在史丹佛大學召開籌備工作坊，但與會科學家對取樣的方法發生了爭議。
卡瓦利－弗札主張以根據語言所劃分出來的「人群」（population）做為研究單位，研究對象則是偏遠地區孤立的人群。柏克萊大學的生化學家威爾遜（Allan C. Wilson）反對這種方法，他主張以「個體」（individual）做為研究單位，把全世界有人居住的區域畫出一個個格子（geographical grid），每個格子隨機抽出一定數量的個人來取樣。
威爾遜認為用語言文化來界定「人群」根本就不科學，只有透過隨機抽樣對個體進行研究，才能科學地界定何謂「人群」。反對威爾遜的科學家則批評，這種方法很可能會在非洲抽樣到美國觀光客，根本就行不通。
計畫最後達成的妥協辦法是選定 400 個「人群」，每個人群採取 25 人的樣本，此外也會以「個人」為對象，抽取「大量」的樣本。前者是卡瓦利－弗札主張的做法，後者則回應了威爾遜的主張。然而，實際上計畫的走向仍是偏向前者。
不過要怎麼界定「人群」，以及要怎麼挑選出合乎計畫要求的人群，仍舊是個難題。1992 年 10 月在賓州大學召開的第二次籌備工作坊，就邀請了最懂得這些遠離現代社會的「人群」的專家—人類學家—來幫忙解決這個問題。
問題是對於要怎麼界定與挑選這些孤立、純粹而即將消失的人群，人類學家的看法也莫衷一是。結果研究不同區域的人類學家提出不同的標準：研究北美洲的人類學家以原住民語言的稀有性做為標準，印度與太平洋地區的人類學家則根據人群表露的「表現型適應」（phenotypic adaptation）來挑選，非洲則以孤立和具有代表性做為判準。
工作坊就根據這些並不一致的判準，列出計畫中打算研究的人群的名單，但也強調這名單是暫時的，未來還可以修訂。對於要研究的「人群」無法建立一套挑選標準，讓部分參與的科學家感到相當不安。
另一方面，在社會與政治層面上，人類基因體多樣性計畫更是遭到重大困難。這個宣稱要打破「歐洲中心觀點」的研究計畫，卻意外地遭到他們的研究對象強烈的批判與反對，甚至被冠上「殖民主義」的惡名。原住民團體的反應想必讓這些科學家大感意外，因為他們其中幾位向來以政治立場開明進步著稱。例如，卡瓦利－弗札在他的著作與言論中就曾經多次抨擊種族主義。然而，原住民團體的反彈也有他們的理由。
首先發難的「國際農村促進基金會」（Rural Advancement Foundation International），長期關注貧窮國家及原住民區域的生物多樣性與智慧財產權的問題，向來致力反對生物科技與國際食品公司把這些地區的動植物品種拿去申請專利，聲稱這會嚴重危害當地農民與原住民的生存。他們質疑人類基因體多樣性計畫蒐集基因資訊，集中在美國的基因資料庫。科學家再利用這些樣本研發藥物申請專利牟利，原住民卻得不到任何好處。這無異是剝削原住民的身體。
此外，由於中南美洲常有大農場、大牧場及採礦公司為了奪取土地，以暴力手段驅逐、殺害原住民，因此國際農村促進基金會擔心原住民的基因資料，會被有心人用來發展消滅原住民的生物武器。
由於原住民的身分和許多社會福利甚至特殊權益（在保留區開設賭場、稅捐減免等）有關，原住民團體也擔心人類基因體多樣性計畫的研究成果，可能損及原住民上述的權益。例如，若計畫的研究宣稱，A 族和 B 族原住民的基因沒有太大差別，那麼政府是否該取消承認A族，把他們劃入 B 族？假如研究發現某些原住民的基因和非原住民差別不大，政府是否可用這個理由取消他們的福利？
透過網路號召，原住民團體群起反對這項計畫。最後「美洲印地安人民族會議」（The National Congress of American Indians）決定，拒絕讓這個計畫使用國家基因體研究所（National Human Genome Research Institute）所蒐集的原住民基因樣本。
不只原住民團體反對這個計畫，美國黑人團體對人類基因體多樣性計畫也提出強烈批評。他們表示這計畫要研究人類的多樣性，卻對非裔美國人這個美國境內最大的少數族裔視若無睹，不僅沒有把非裔美國人列入計畫研究對象，甚至被計畫視為「不是個生物學上有意義的團體」。對於多年努力建立族群認同與尊嚴的非裔美國人來說，這無異是再次遭到種族歧視與種族隔離。
非裔團體發表宣言表示：「如果這個計畫要用到美國納稅人的錢，那就得納入非裔美國人。」在非裔團體的抗議聲中，人類基因體多樣性計畫在 1993 年開始宣稱，計畫不會只對原住民團體進行採樣研究，也會包括具有代表性的主要族群。然而，這個做法和計畫原始的構想並不一致，有歐洲的科學家表示，把非裔美國人列為取樣對象，是為了「政治正確」而用「政治多樣性」取代「生物多樣性」。
芮兒登認為人類基因體多樣性計畫這樣一個雄心勃勃的科學研究，由於涉及到對人群的重新分類，無異是對自然秩序（natural order）與社會秩序（social order）的同時重構。
然而，就前者而言，人類基因體多樣性計畫的成員在研究的科學方法上持有不同觀點，對研究對象的界定也未能達到一致的見解與標準，雖然最後達成妥協，卻使得整個計畫在科學上有某種程度的不穩定性。就後者而言，族群身分的認同是現代世界最具衝突性的議題。「人類基因體多樣性計畫」涉及到族群身分的敏感議題和原住民的切身福祉，無怪乎會引起強烈的爭議和抵抗。這個研究計畫也因而陷入了難解的困局。
深度閱讀
Reardon J. (2005) Race to the Finish: Identity and Governance in an Age of Genomics, Princeton University Press.