土雞的分類按照遺傳形質與飼養方式，臺灣目前的土雞可分為三大類。第一類土雞在全省各地原來都有，可是現在已接近絕跡。除非有心人士保存血統，否則均已混雜外來雞血統。這類土雞具有活潑、行動敏捷等特性，但因小群飼養，近親程度嚴重，因此生長慢，成熟較晚，著肉不多，且產蛋少，母雞藾抱性強，生產的效率極差。這類雞隻可能因各地居民喜好（譬如桃竹苗客家人一般喜好較大體型雞隻，其土雞體型也較大），或因各地環境（譬如山區雞隻腳脛較長，沿海地區腳脛較短）而有所差別。
第二類土雞多飼於山坡地果林間，平時雞隻有廣大的運動空間，因此肉質較堅實富彈性，在鄉村農家副業飼養的雞隻多屬這一類。雞隻來源可能是購自飼料店、雛雞販，自留母雞孵蛋繁殖，或種蛋委託孵化場代孵，因此雞種在遺傳方面頗為混雜。然而這類雞隻因為粗放飼養，所以雞隻生產成本高。
第三類土雞則是目前飼養數量最多的商用土雞（如紅羽土雞及黑羽土雞），這類土雞的飼養環境類似白肉雞，都是大群同齡雞隻飼養於平飼雞舍，並給予完全配合飼料。育雛時給予保溫，也有防疫計畫，幾乎與白肉雞相同，只是在雞舍旁給予運動場，在五、六周齡以後讓牠們有較大的活動空間。
雞種的來源有自國外引進有色專用種肉雞（單冠、腳脛黃色），而以具有鉛色腳脛的公雞（基因來源可能是本地雞）與牠交配，再加以純化。這類土雞由於具有專用種肉雞的血統，因此生長較快，著肉較多，但種雞產蛋性能較差，且體型較粗大。此外，也有自國外引進生產褐色蛋的蛋雞（紅羽或黑羽、單冠、腳脛黃色），與具有鉛色腳脛的公雞交配再純化。這類土雞的種雞產蛋性能較佳，雛雞成本低，且雞冠較大，但著肉差，肉雞的飼料效率也差。無論是哪一種來源，這些土雞的生產方式並不像白色肉雞或蛋雞，利用系統雜交生產，沒有利用雜交優勢以保護自己的雞種。產肉性能好的雞隻通常產蛋性能較差，而且以肉雞方式育成的種雞，產蛋性能也較差。
品種（系）雜交
一般商用的蛋雞與肉雞都是品種間或品系間雜交育成，其中有二元、三元及四元等品系（或品種）間的雜交。在商業生產中，以四元雜交較普遍，雜交方式可分為品種間雜交、品系間雜交及近交系間雜交。這些商業生產體系不但使畜禽具有兩個品種的優點，利用雜交優勢提升生產效益，也幫助畜禽更能適應環境的變化，而使雜種畜群比純種有更好整齊性，有利於商業生產管理。
雜交生產體系雖然生產效率最好，但是育種場至少需要一直改良兩個不同的品種（系），如果希望利用雜交優勢培育種畜禽，則需要更多的維持費用，成本很高。但是這種體系出售的雜種畜禽並不適於做為種畜禽，其子代不但會因為失去雜交優勢而生產效率變差，遺傳基因的分離也使禽畜群參差不齊。因此，優秀的育種成果不虞被盜取。世界上最主要的肉用雞生產體系，就是美國的育種場在 1950 年代發展出來，利用白可尼西公雞雜交白蘆花母雞生產商用白色肉雞。
由於 1947 年以後，歐美國家開始推廣逢機採樣檢定，再加上資訊流通與國際貿易的快速進展，競爭力差的育種場紛紛歇業，世界種禽市場已被少數幾家公司所掌控。白色來航雞、洛島紅與白色肉雞幾乎已分別成為世界唯一商業生產白殼蛋、褐殼蛋與雞肉的雞種。
然而白色肉雞並不適合國人傳統的烹調方式，二十多年來，農民自行發展出來的土雞（紅羽土雞及黑羽土雞），一直占有本省一半的肉用雞市場。雖然本省雞農對土雞的改良已歷經二、三十年，有色肉雞的生產效率因此改進不少，但是雞肉品質反而變差，雞群的整齊度一直不好。且沒有任何一家育種場能生產穩定的雞種，市場流行的雞種一直在改變。主要的原因可能是土雞的種雞場規模太小，資本不大，無法育成幾個不同純品種（系），進而被採用做為雜交生產體系。
近親品系
基於上述的因素，1985 年國內畜產試驗所開始進行土雞選育工作，由研究人員翻山越嶺至全省各鄉間進行種原收集。基礎族群來源是新竹、臺南、花蓮、臺東、高雄、嘉義及臺中等七個地區，並把收集到具有本地土雞外型的雞隻進行分離、固定及選拔，利用全同胞近親配種方式，並配合適應性選拔，以純化土雞的各項經濟特性，育成 L7、L9、L11 及 L12 等四個土雞近親品系。
這四個近親品系的體型及體重有顯著差異，其中以 L7 的體型最小，而 L11 產蛋數最多，這四個近親品系可做為本省生產有色肉雞生產的純種土雞品系的種原。且上述四個近親品系已於 86 年 1 月 18 日正式通過審查，命名為「近親土雞臺畜一號」。
最佳雜交組合
利用近親品系進行雜交，可預期雜交優勢的表現，因此進一步把 L7、L9、L11 及 L12 等四個近親品系進行品系間的雜交，以了解近親品系間組合的雜交優勢情形，並決定商業生產用的最佳組合，以期提供本省生產高品質的商用土雞。依全互交雜交組合測試及田間試驗結果，分別選出生長性能優良的 L12（♂）× L9（♀）為畜試公系組合，而產蛋性能優良的 L7（♂）× L11（♀）為畜試母系組合。畜試公系命名為「畜試土雞臺畜公 11 號」，畜試母系則命名為「畜試土雞臺畜母 12 號」，目前已推廣民間種雞場飼養，做為商用肉土雞的親代，其雜交生產的後代商用肉土雞，則命名為「畜試土雞臺畜肉 13 號」。牠的生長性能良好，尤其是肉質與風味俱佳，經數次品評會的品評結果，深獲好評，頗受一般消費大眾讚賞與肯定。因此，畜試公系與畜試母系所生產的四元雜交商用土雞，是適合本省土雞生產的組合系統。