緣起1975 年臺灣大學畜牧系李登元與宋永義兩位教授為尋找本地小耳種豬，出動全系師生搜尋全島，最後才在外島蘭嶼發現數量與外觀性狀穩定的小耳種豬群。這些小耳種豬的特徵是耳小豎立、體型較小、四肢細短、毛質短而黑、鼻吻略為尖長，與中國大陸華南地區小耳豬甚為相似，極可能是先民自大陸引入臺灣的。當這些小耳豬因不具較佳的產肉與繁殖效能，在本島逐漸式微消失之際，反而保存在與外隔絕的蘭嶼島上。
蘭嶼的小耳豬不僅體型小，也具性早熟與環境適應性強等特點，極適於發展為試驗用小型豬種。在解剖生理學的物種特性上豬與人類相似，因此常做為醫學研究的試驗動物。為因應這趨勢，臺灣大學畜牧系與畜產試驗所分別於 1975 與 1980 年自蘭嶼引入小耳種豬，這兩次引種成為往後一系列小型豬研究、開發與應用的基礎。
迷你與小型的迷思
自蘭嶼引入的小耳種豬也稱蘭嶼豬，體型較一般肉用洋豬小。相較於六個月體重可逾 100 公斤的洋豬而言，小耳豬同時期體重僅達 30 公斤左右，一歲時約 60 公斤，因此早期慣稱為「迷你豬」。惟常造成民眾錯覺，誤以為牠的體型如一般小型寵物般，可以攜抱玩賞，因此近年來改稱「小型豬」，藉以強調體型相對大小的概念。
小型豬不如想像中迷你，一般家庭似乎無法接受成年後逾 60 公斤的寵物，若餵飼未加節制，體重會因脂肪堆積而達 100 公斤左右。臺灣目前仍是口蹄疫與豬瘟疫區，豬隻仍需定期進行防疫注射，家庭寵物飼養可能不易追蹤執行，造成防疫上的死角。
新品種的育成
蘭嶼豬雖適合做為生物醫學研究的試驗動物，但因毛色黑與耳朵小，對其試驗用途與操作上有所限制。臺灣大學畜牧系決定朝白色表皮與增大耳朵等目標進行改造工作，利用雜交育種的方式，計劃引入藍瑞斯豬種的白色表皮與大耳朵的特性。
首先以藍瑞斯公豬與蘭嶼豬母豬進行雜交，所得的雜交一代各自具備雙親 50％ 的遺傳形質。再利用蘭嶼公豬與這雜交一代母豬進行級進配種一次，把蘭嶼豬遺傳形質提高為 75％，以減低藍瑞斯大體型的影響。經過一系列的近親選育過程後，便育成名為李宋豬的小型豬品種，也就是以最初引種的兩位教授的姓氏命名。
畜試花斑豬
畜產試驗所於 1980 年自蘭嶼島引入小耳豬四公 16 母為基礎族群，在臺東種畜繁殖場進行繁衍，圈養成為一封閉的逢機配種族群。之後發現這圈養豬群繁衍出的後裔中，出現少數花斑毛色的個體，為維持蘭嶼豬黑色的品種特性，同時也擔心這些花斑毛色的個體可能帶有致死遺傳，就從 1993 年起把族群中具白色斑仔豬計 37 頭隔離出來另成一群。經過飼養繁殖發現，這些白色斑表現是一毛色隱性純合子遺傳。
典型的黑色是完全顯性，於純合子與雜合子時表現出來。當都屬雜合子的雌雄個體交配繁殖時，便有四分之一的機會產生隱性純合子的後代，這純粹是毛色的表現性狀，不帶有致死遺傳因子，也不會影響繁殖與生長性能。針對這些白色斑個體，採行隔離選育與近親配種方式，育成花斑外觀的新品種。這品種於 2003 年以「畜試花斑豬」通過種原登記，正式成為我國新的小型豬品種。
畜試迷彩豬
如同李宋豬一樣，畜試迷彩豬的育成方式也是引入另一品種進行雜交選育而成，其基礎豬種是蘭嶼豬與杜洛克豬。1989 年進行雜交試驗，後裔仔豬於八周齡時檢視毛色，有 72.5％ 仔豬身體兩側呈現黑色條紋與紅棕色條紋交互排列型式。選留這些具棕黑條紋豬隻為第一代種畜，在其所生產 327 頭第二代仔豬中，有 28 頭仔豬身體兩側呈現白色條紋與紅棕色條紋交互排列型式，毛色分布頻率占 7.5％。
以這些具有棕白條紋毛色為選留目標，淘汰其他毛色的後裔，棕白條紋的毛色分布頻率便開始逐代提高。至第六代時，後裔仔豬棕白條紋的毛色分布頻率始達 100％。這種條紋毛色是一種幼齡毛色，在豬隻於五月齡左右，會因性成熟而逐漸褪去。2003 年以「畜試迷彩豬」通過種原登記，因具有 50％ 蘭嶼豬與 50％ 杜洛克豬的遺傳形質，體型略大於蘭嶼豬，是一種合成的品種。
選育與保種
近年來生物多樣性議題廣受各界的認同，畜產種原也面臨多樣性喪失的問題，許多禽畜品種因沒有特出的經濟性能，如生長與繁殖性能，不符目前集約生產、注重效益的生產模式，而逐漸淘汰消失。殊不知這些看似表現不佳的畜禽品種，可能帶有其他特殊的性能表現，若不加以妥善保存，珍貴的遺傳資源可能會自基因庫中永遠消失。
近親選育的目的在於增加動物基因純合度，降低個體間遺傳上的差異，所育成的近親品系能符合現今生物科技與生命科學對於實驗動物遺傳品質的要求，因為使用者不會希望因實驗動物個體間的差異而影響實驗結果。
保種計畫的目的不僅要延續種原的生命，更要有效合宜地管理。保種的方法除傳統的活體飼養繁殖外，尚有遺傳物質、體細胞、生殖細胞與胚的冷凍保存等方式。保種畜群常採行逢機配種制度，讓保種畜群能有更為多樣的遺傳組合延續下一代，藉以維持基因的多樣性，減少基因漂流減損的現象。
目前飼養的蘭嶼豬保種畜群，是在 1980 年所引入的四公 16 母所繁衍，對於小族群長時間封閉繁衍可能導致的近親衰退的疑慮，未曾進行有效評估。因此 2005 年開始利用分子生物技術探討蘭嶼豬族群內的親緣關係，分析族群間遺傳變異及遺傳距離等資料，以維持保種畜群的遺傳多樣性。
蘭嶼島小耳豬現況
蘭嶼位於臺灣東南方海域，是臺灣小型豬的發源地，引種迄今近 30 年間，對於這段時期島上時空的演進與豬隻的現況，未曾有相關的調查與研究。在 2004 年與 2005 年筆者數次前往蘭嶼進行田野調查發現：豬隻飼養與傳統生活關係密切、代表著飼主的社經地位屬小戶飼養、島上豬隻超過千頭。蘭嶼達悟族相當珍視其特有的傳統文化資產，豬隻獻祭仍是傳統節慶儀式中重要的一環。
由於小耳種豬體型小，須耗費相當時日飼養。據了解早於二、三十年前，當地住民注意到外界有大型洋豬品種時，便開始購入取代獻祭時全部或部分的小耳種豬隻。少數飼主也試以大型洋豬雜交當地小耳種豬，以增大豬隻體型。
由於外來豬種多年來的斷續引入，導致現今少數個體在外觀形質上有程度不一的雜交特徵，這些差異見於不應出現的白肩帶、紅棕與全白的毛色表現，過大與下垂的耳朵，以及粗大的鼻吻上。雖然大多數的豬隻大體上仍維持小耳豬應有的樣貌，但在當地傳統的飼養與繁殖方式下，豬隻能自由活動與逢機交配，外來種原的遺傳污染程度有可能與時俱增。